Estou tentando gerar uma curva de rarefação com o seguinte código:
resultado ← rarefacao %>%
iNEXT::iNEXT(q=0, datatype = “abundance”,
endpoint = 30)
O erro principal é: Error in iNEXT(., q = 0, datatype = “abundance”, endpoint = 30) :
invalid class of x, x should be a object of numeric, matrix, data.frame, or list
Para rodar o código acima, precisei trabalhar os meus dados da seguinte forma:
rare ← consultoria %>%
select(localidade, especie) %>%
count(localidade, especie) %>%
pivot_wider(
names_from = localidade,
values_from = n) %>%
janitor::clean_names()
Adicionalmente, para tentar resolver o erro acima, fiz o seguinte comando:
rarefacao ← replace(rare,is.na(rare),0) %>%
mutate(chiador = as.numeric(chiador),
duas_barras = as.numeric(duas_barras),
macae = as.numeric(macae),
nova_friburgo = as.numeric(nova_friburgo),
sumidouro = as.numeric(sumidouro),
trajano_de_moraes = as.numeric(trajano_de_moraes))
Quando chamo o código:
head(rarefacao)
Resulta em:
especie chiador duas_barras macae nova_friburgo sumidouro
1 Haddadus binotatus 2 0 7 4 4
2 Hypsiboas pardalis 8 0 0 0 6
3 Hypsiboas polytae… 2 2 0 9 4
4 Hypsiboas semilin… 13 0 18 0 0
5 Leptodactylus mar… 2 1 0 0 2
6 Physalaemus signi… 1 0 6 0 0
7 Rhinella pombali 3 0 0 0 0
No entanto, quando chamo:
sapply(rarefacao, class)
Resulta em:
especie chiador duas_barras
“character” “numeric” “numeric”
macae nova_friburgo sumidouro
“numeric” “numeric” “numeric”
trajano_de_moraes
“numeric”
Gostaria de saber se alguém saberia me ajudar com esse erro. Obrigada!