Dúvidas na função tbl_summary

Camila · Maio 22, 2020, 3:42pm

Caros,

Estou usando os comandos abaixo e gostaria de acrescentar uma coluna de total na minha tabela. Alguém poderia me ajudar?

tab1 ← dados_internacao %>% select(Sexo,Raca, Tumor, Tratamento3,Estadiamento,Classif_SI_2) set.seed(42) tab1 %>% gtsummary::tbl_summary(data = ., by = Classif_SI_2) %>% gtsummary::add_p(x = ., test = everything() ~ “chisq.mc.test”)

obrigada

Athos · Maio 22, 2020, 5:03pm

Não achei nenhum jeito oficial tbm. Fiz uma gambiarra monstra aqui criando uma coluna constante no banco de dados e chamando de Total.
Você não precisaria de teste p neh? As contagens do cabeçalho talvez dê para colocar porcentagem tbm, daí serviria como um total, mas não encontrei.

library(gtsummary)
    library(tidyverse)
    dados_internacao <- tibble(
        Sexo = sample(c("Masc", "Fem"), size = 100, replace = TRUE),
        Raca = sample(c("Branca", "Parda", "Preta"), size = 100, replace = TRUE),
        Tumor = sample(c("bexiga+rim", "cabeça+tireoide"), size = 100, replace = TRUE),
        Total = "Total",
        Classif_SI_2 = sample(c("Ausente", "Presente"), size = 100, replace = TRUE)
    )
    
    tab1 <- dados_internacao %>% 
        select(Sexo,Raca, Tumor, Total, Classif_SI_2) 
    
    set.seed(42) 
    
    tab1 %>% 
        gtsummary::tbl_summary(by = Classif_SI_2) %>%
        gtsummary::add_p(test = everything() ~ "chisq.test")
#> There was an error in 'add_p()' for variable 'Total' and test 'chisq.test', p-value omitted:
#> Error in stats::chisq.test(data[[variable]], as.factor(data[[by]])): 'x' and 'y' must have at least 2 levels

Characteristic	Ausente, N = 45¹	Presente, N = 55¹	p-value²
Sexo			0.4
Fem	24 (53%)	24 (44%)
Masc	21 (47%)	31 (56%)
Raca			0.6
Branca	17 (38%)	16 (29%)
Parda	17 (38%)	21 (38%)
Preta	11 (24%)	18 (33%)
Tumor			0.8
bexiga+rim	24 (53%)	27 (49%)
cabeça+tireoide	21 (47%)	28 (51%)
Total
Total	45 (100%)	55 (100%)
¹ Statistics presented: n (%) ² Statistical tests performed: chi-square test of independence

^{Created on 2020-05-22 by the reprex package (v0.3.0)}

Camila · Maio 22, 2020, 5:15pm

Athos:

library(gtsummary)
    library(tidyverse)
    dados_internacao <- tibble(
        Sexo = sample(c("Masc", "Fem"), size = 100, replace = TRUE),
        Raca = sample(c("Branca", "Parda", "Preta"), size = 100, replace = TRUE),
        Tumor = sample(c("bexiga+rim", "cabeça+tireoide"), size = 100, replace = TRUE),
        Total = "Total",
        Classif_SI_2 = sample(c("Ausente", "Presente"), size = 100, replace = TRUE)
    )
    
    tab1 <- dados_internacao %>% 
        select(Sexo,Raca, Tumor, Total, Classif_SI_2) 
    
    set.seed(42) 
    
    tab1 %>% 
        gtsummary::tbl_summary(by = Classif_SI_2) %>%
        gtsummary::add_p(test = everything() ~ "chisq.test")

Athos, eu preciso da soma na linha… então, teria mais uma coluna, antes do p, com os totais e %s.
obrigada

Athos · Maio 22, 2020, 5:21pm

ah, sim! nesse caso tem o gtsummary::add_n()

acho que é isso que vocẽ precisa!

Augusto_Filho1 · Agosto 2, 2023, 4:18pm

neste caso basta você acrescentar:

add_overall()