Matriz 0 e 1 e transposição

dúvidas
1

Oi pessoal!!
Estou procurando um solução para seguinte questão:

Preciso de um input onde tenho sítios únicos nas linhas (Site) e espécies únicas nas colunas(Sp) . Trata-se de uma matriz de 0 e 1, para presença (1) ou ausência (0) da espécie no sítio.
Segue exemplo ilustrando o input que preciso.

Exemplo 1

X1 Sp_1 Sp_2 Sp_3 Sp_4 Sp_5 Sp_6 Sp_7 Sp_8 Sp_9 Sp_10 Sp_11

1 Site_1 1 1 0 1 1 1 0 1 1 1 1
2 Site_2 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1 1
3 Site_3 1 1 0 1 1 0 1 1 1 1 0
4 Site_4 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 0
5 Site_5 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1
6 Site_6 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 0
7 Site_7 1 1 1 1 1 1 1 0 1 1 1
8 Site_8 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
9 Site_9 1 1 1 1 1 1 0 1 0 1 1
10 Site_10 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0

No entanto o que tenho é um input com duas colunas. A coluna de espécies únicas “Sp” e outra coluna “sites” que se repetem (e essa é a questão, pois preciso de sítios únicos como no Exemplo 1). Segue a ilustração do input que tenho.

Exemplo 2

Sp sites

1 Sp_1 Site_3
2 Sp_2 Site_4
3 Sp_3 Site_9
4 Sp_4 Site_9
5 Sp_5 Site_9
6 Sp_6 Site_9
7 Sp_7 Site_22
8 Sp_8 Site_10
9 Sp_9 Site_5
10 Sp_10 Site_1

Achei que fosse simples, mas estou com dificuldade de transformar esse Exemplo2 no Exemplo 1.

Desde já agradeço qualquer sugestão.

2

Oi, Tainá!

Você consegue fazer isso criando uma coluna de 1s e utilizando a função pivot_wider() do pacote tidyr. Veja um exemplo:

tab <- tibble::tribble(
  ~ especie, ~ sitio, ~presenca,
  "Sp_1", "Site_3",  1,
  "Sp_2", "Site_4", 1,
  "Sp_3", "Site_9", 1,
  "Sp_4", "Site_9", 1,
  "Sp_5", "Site_9", 1,
  "Sp_6", "Site_9", 1,
  "Sp_7", "Site_22", 1,
  "Sp_8", "Site_10", 1,
  "Sp_9", "Site_5", 1,
  "Sp_10", "Site_1", 1
)

# Tabela que você deu como exemplo
# acrescida de uma coluna de 1s
tab
#> # A tibble: 10 x 3
#>    especie sitio   presenca
#>    <chr>   <chr>      <dbl>
#>  1 Sp_1    Site_3         1
#>  2 Sp_2    Site_4         1
#>  3 Sp_3    Site_9         1
#>  4 Sp_4    Site_9         1
#>  5 Sp_5    Site_9         1
#>  6 Sp_6    Site_9         1
#>  7 Sp_7    Site_22        1
#>  8 Sp_8    Site_10        1
#>  9 Sp_9    Site_5         1
#> 10 Sp_10   Site_1         1

# Formato desejado
tab |> 
  tidyr::pivot_wider(
    names_from = sitio,
    values_from = presenca,
    values_fill = 0
  )
#> # A tibble: 10 x 8
#>    especie Site_3 Site_4 Site_9 Site_22 Site_10 Site_5 Site_1
#>    <chr>    <dbl>  <dbl>  <dbl>   <dbl>   <dbl>  <dbl>  <dbl>
#>  1 Sp_1         1      0      0       0       0      0      0
#>  2 Sp_2         0      1      0       0       0      0      0
#>  3 Sp_3         0      0      1       0       0      0      0
#>  4 Sp_4         0      0      1       0       0      0      0
#>  5 Sp_5         0      0      1       0       0      0      0
#>  6 Sp_6         0      0      1       0       0      0      0
#>  7 Sp_7         0      0      0       1       0      0      0
#>  8 Sp_8         0      0      0       0       1      0      0
#>  9 Sp_9         0      0      0       0       0      1      0
#> 10 Sp_10        0      0      0       0       0      0      1

Created on 2021-06-24 by the reprex package (v2.0.0)

3

Muito obrigada wamorim !! Com sua resposta consegui resolver a situação!!
Vou tentar resumir minha saga:

1- Os dados que tenho são bem maiores que os exemplo que postei aqui. E descobri que as espécies também se repetem, eu achava que só os sítios se repetiam. Então desculpem pela informação equivocada.
2- Via LibreOffice criei a coluna da presença, e aí usei o pacote datapasta para copiar todas as linhas das 3 colunas, isso resultou num script com mais de 35.000 linhas, e por conta disso minha R section travava toda hora antes que eu pudesse executar o script.
3- Contornei o problema anterior via comandado source pra executar esse script imenso. E então funcionou.
4- Adaptei seu código, pois preciso da espécies na colunas os sítios nas linhas. Criei um exemplo para mostrar como o código final ficou:

#> 
#> Attaching package: 'dplyr'
#> The following objects are masked from 'package:stats':
#> 
#>     filter, lag
#> The following objects are masked from 'package:base':
#> 
#>     intersect, setdiff, setequal, union
library(tidyr)


tab <- tibble::tribble(
  ~ especie, ~ sitio, ~presenca,
  "Sp_1", "Site_3",  1,
  "Sp_2", "Site_4", 1,
  "Sp_2", "Site_9", 1,
  "Sp_2", "Site_9", 1,
  "Sp_3", "Site_9", 1,
  "Sp_5", "Site_9", 1,
  "Sp_5", "Site_22", 1,
  "Sp_8", "Site_10", 1,
  "Sp_9", "Site_5", 1,
  "Sp_10", "Site_1", 1
)

tab
#> # A tibble: 10 x 3
#>    especie sitio   presenca
#>    <chr>   <chr>      <dbl>
#>  1 Sp_1    Site_3         1
#>  2 Sp_2    Site_4         1
#>  3 Sp_2    Site_9         1
#>  4 Sp_2    Site_9         1
#>  5 Sp_3    Site_9         1
#>  6 Sp_5    Site_9         1
#>  7 Sp_5    Site_22        1
#>  8 Sp_8    Site_10        1
#>  9 Sp_9    Site_5         1
#> 10 Sp_10   Site_1         1

tab_final <- tab |> 
  distinct() |> 
  group_by(sitio) |> 
  tidyr::pivot_wider(
    names_from = especie,
    values_from = presenca,
    values_fill = 0
  )

tab_final
#> # A tibble: 7 x 8
#> # Groups:   sitio [7]
#>   sitio    Sp_1  Sp_2  Sp_3  Sp_5  Sp_8  Sp_9 Sp_10
#>   <chr>   <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
#> 1 Site_3      1     0     0     0     0     0     0
#> 2 Site_4      0     1     0     0     0     0     0
#> 3 Site_9      0     1     1     1     0     0     0
#> 4 Site_22     0     0     0     1     0     0     0
#> 5 Site_10     0     0     0     0     1     0     0
#> 6 Site_5      0     0     0     0     0     1     0
#> 7 Site_1      0     0     0     0     0     0     1  
<sup>Created on 2021-06-24 by the [reprex package](https://reprex.tidyverse.org) (v2.0.0)</sup>

Mais uma vez, muito obrigada!!