Problema com o kablextra r markdown

fdpr · Maio 17, 2023, 1:32pm

Estou gerando um documento com saída em pdf utilizando rmarkdown. Este documento contém uma coluna onde estou inserindo imagens. A imagem está inserida corretamente, mas vem acompanhada do valor descrito no dataframe.

Como faço para remover esse nome (teste.png, assinatura.png), deixando somente a imagem?

Fernanda_Kelly · Junho 5, 2023, 6:30pm

Olá,

Como não tem o código e não sei como é exatamente o formato de sua saída, eu tentaria regex ou stringr para retirar esses nomes.

base_a <- tibble::tribble(
  ~imagem, 
  "assinatura.png imagem1",   
  "assinatura.png imagem2" ,  
  "assinatura.png imagem3"
)


base_a %>% 
  dplyr::mutate(imagem = stringr::str_replace(imagem, "assinatura.png", ""))

Se não for isso, coloca aqui um exemplo do seu código, vai facilitar com que outras pessoas possam te ajudar.

Até!

fdpr · Junho 12, 2023, 4:55pm

Olá Fernanda obrigado pela ajuda! Eu tinha pensando em regex anteriormente e não funcionou. Vou postar o meu código quem sabe não consiga me ajudar! De qualquer forma, lhe agradeço pela atenção!

Render.R

dados = read.xlsx(“C:\Users\RibeiroF\OneDrive - xxx\Francisco\Área de Trabalho\Atividades\Agro\Coc Agro\dados.xlsx”)

purrr::walk(
.x = dados$amostras,
~ rmarkdown::render(
input = “index.Rmd”,
output_file = glue::glue(“Coc Agro - {.x}.pdf”),
params = list(amostras = {.x})
)
)

Index.Rmd

title: "xxx - r params$amostras "
author: “xxx”
date: “2023-05-03”
format:
pdf:
papersize: A3
latex_engine: tinytex
classoption: landscape
execute:
echo: false
df-print: kable
editor: visual
params:
amostras: amostras
geometry: “a3paper,left = 1.5cm, right = 1.5cm, top=2cm, bottom=4cm, landscape”
header-includes:

\usepackage{booktabs}
\usepackage{longtable}
\usepackage{array}
\usepackage{multirow}
\usepackage{wrapfig}
\usepackage{float}
\usepackage{colortbl}
\usepackage{tabu}
\usepackage{threeparttable}
\usepackage{threeparttablex}
\usepackage[normalem]{ulem}
\usepackage{makecell}
\usepackage{xcolor}
\usepackage{fancyhdr}
\usepackage{pdflscape}
\usepackage{lastpage}
\usepackage[labelformat = empty]{caption}
\pagestyle{fancy}
\fancyhf{}
\fancyhead[LE,RO]{\thepage\ de \pageref{LastPage}}
\fancyfoot[LE,LO]{Bloco1 - Al, Ba, B, Cu, Fe, Si, Zn, Sb, As, Be, Cd, Pb, Co, Cr, Sn, Li, Mn, Ni, Hg, Mo, Ag, Se, Tl, Ti, U, V, Bloco2 - Ca, S, P, Mg, K, Na, Bloco3 - Tolueno, etilbenzeno, diclorometano, Bloco4 - Aldrin, Endrin, Dieldrin, HCHtotal, HCHgama/lindano, PCBs, Bloco5 - 2,4,5-triclorofenol e 2,4,6-triclorofenol, Bloco7 - As, Hg e Cr total, Bloco8 - Cr (III), Cr (VI), Bloco9 - As (III), As (V), Ácido monometilarsônico, Ácido dimetilarsínico e Arsenobetaína, Bloco9 - Atrazina e Clorpirifós}
\fancyfoot[C]{}
\renewcommand{\footrulewidth}{0.25mm}


dados = read.xlsx("C:\\Users\\RibeiroF\\OneDrive - xxx\\Francisco\\Área de Trabalho\\Atividades\\Agro\\Coc Agro\\dados.xlsx")

dados = dados %>%
  clean_names()%>%
  mutate(data = as.numeric(data),
         data = as.Date(data, format = "%d/%m/%Y", origin = "30/12/1899"),
         hora = as.numeric(hora),
         hora = as.times(hora, format = "h:m"))


Empresa contratante: xxx	Gestores responsáveis: xxx
Empresa responsável pela coleta e execução das análises: xxx	Gestor responsavel: xxx


ponto = dados%>%
  dplyr::filter(amostras == params$amostras)%>%
  dplyr::select(amostras)%>%
  dplyr::distinct()%>%
  dplyr::mutate(ponto = "")%>%
  dplyr::mutate(ponto = str_extract(amostras, "[A-Z]{2}-[0-9]{4}"))%>%
  dplyr::select(ponto)%>%
  pull

amostra = dados%>%
  dplyr::filter(amostras == params$amostras)%>%
  dplyr::select(amostras)%>%
  dplyr::distinct()%>%
  pull

tipo = dados%>%
  dplyr::filter(amostras == params$amostras)%>%
  dplyr::select(amostras)%>%
  dplyr::distinct()%>%
  dplyr::mutate(tipo = "")%>%
  dplyr::mutate(tipo = case_when(
    str_detect(amostras, "T0")~ "Simples",
    str_detect(amostras, "T1")~ "Simples",
    str_detect(amostras, "T2")~ "Simples",
    str_detect(amostras, "T3")~ "Simples",
    str_detect(amostras, "TE")~ "Composta"))%>%
  dplyr::select(tipo)%>%
  pull

alimento = dados%>%
  dplyr::filter(amostras == params$amostras)%>%
  dplyr::select(amostras)%>%
  dplyr::distinct()%>%
  dplyr::mutate(alimento = "")%>%
  dplyr::mutate(alimento = case_when(
    str_detect(amostras, "FR01") ~ "Abacate",
    str_detect(amostras, "FR02") ~ "Abacaxi",
    str_detect(amostras, "FR03") ~ "Acerola",
    str_detect(amostras, "FR04") ~ "Banana",
    str_detect(amostras, "FR05") ~ "Cacau",
    str_detect(amostras, "FR06") ~ "Cana-de-açúcar",
    str_detect(amostras, "FR07") ~ "Coco-da-baía",
    str_detect(amostras, "FR08") ~ "Goiaba",
    str_detect(amostras, "FR09") ~ "Laranja",
    str_detect(amostras, "FR10") ~ "Limão",
    str_detect(amostras, "FR11") ~ "Mamão",
    str_detect(amostras, "FR12") ~ "Manga",
    str_detect(amostras, "FR13") ~ "Maracujá",
    str_detect(amostras, "FR14") ~ "Melancia",
    str_detect(amostras, "LE01") ~ "Abóbora",
    str_detect(amostras, "LE02") ~ "Abobrinha",
    str_detect(amostras, "LE03") ~ "Batata-inglesa",
    str_detect(amostras, "LE04") ~ "Batata-doce",
    str_detect(amostras, "LE05") ~ "Berinjela",
    str_detect(amostras, "LE06") ~ "Beterraba",
    str_detect(amostras, "LE07") ~ "Cenoura",
    str_detect(amostras, "LE08") ~ "Chuchu",
    str_detect(amostras, "LE09") ~ "Inhame",
    str_detect(amostras, "LE10") ~ "Jiló",
    str_detect(amostras, "LE11") ~ "Mandioca",
    str_detect(amostras, "LE12") ~ "Pepino",
    str_detect(amostras, "LE13") ~ "Pimentão",
    str_detect(amostras, "LE14") ~ "Quiabo",
    str_detect(amostras, "LE15") ~ "Tomate",
    str_detect(amostras, "LE16") ~ "Vagem",
    str_detect(amostras, "VE01") ~ "Alface",
    str_detect(amostras, "VE02") ~ "Almeirão",
    str_detect(amostras, "VE03") ~ "Couve",
    str_detect(amostras, "VE04") ~ "Mostarda",
    str_detect(amostras, "VE05") ~ "Repolho",
    str_detect(amostras, "VE06") ~ "Agriao",
    str_detect(amostras, "GR01") ~ "Café",
    str_detect(amostras, "GR02") ~ "Feijão",
    str_detect(amostras, "LT01") ~ "Vaca",
    str_detect(amostras, "LT02") ~ "Cabra",
    str_detect(amostras, "OV01") ~ "Galinha",
    str_detect(amostras, "ME01") ~ "Mel",
    str_detect(amostras, "MU01") ~ "Bovinos - Traseiro",
    str_detect(amostras, "MU01") ~ "Bovinos - Traseiro",
    str_detect(amostras, "MU02") ~ "Bovinos - Costela",
    str_detect(amostras, "MU02") ~ "Bovinos - Costela",
    str_detect(amostras, "MU03") ~ "Galinha - Coxa e sobrecoxa sem pele",
    str_detect(amostras, "MU04") ~ "Galinha - Sobrecoxa com pele",
    str_detect(amostras, "MU05") ~ "Suínos - Traseiro",
    str_detect(amostras, "MU05") ~ "Suínos - Traseiro",
    str_detect(amostras, "MU06") ~ "Suínos - Costela",
    str_detect(amostras, "MU06") ~ "Suínos - Costela",
    str_detect(amostras, "VI01") ~ "Coração de bovino",
    str_detect(amostras, "VI02") ~ "Fígado de bovino",
    str_detect(amostras, "VI03") ~ "Intestino de bovino",
    str_detect(amostras, "VI04") ~ "Coração de galinha",
    str_detect(amostras, "VI05") ~ "Fígado de galinha",
    str_detect(amostras, "VI06") ~ "Moela de galinha"))%>%
  dplyr::select(alimento)%>%
  pull

grupo = dados%>%
  dplyr::filter(amostras == params$amostras)%>%
  dplyr::select(amostras)%>%
  dplyr::distinct()%>%
  dplyr::mutate(grupo = "")%>%
  dplyr::mutate(grupo = case_when(
    str_detect(amostras, "FR[0-9]{2}")~ "Fruto",
    str_detect(amostras, "GR[0-9]{2}")~ "Grão",
    str_detect(amostras, "LE[0-9]{2}")~ "Legume",
    str_detect(amostras, "LT[0-9]{2}")~ "Leite",
    str_detect(amostras, "ME[0-9]{2}")~ "Mel",
    str_detect(amostras, "MU[0-9]{2}")~ "Músculo",
    str_detect(amostras, "OV[0-9]{2}")~ "Ovo",
    str_detect(amostras, "VE[0-9]{2}")~ "Verdura",
    str_detect(amostras, "VI[0-9]{2}")~ "Viceras"))%>%
  dplyr::select(grupo)%>%
  pull

tabela_1 = dados %>%
  dplyr::filter(amostras == params$amostras,
                is.na(custodia),
                etapa %in% c("Coleta dos produtos agropecuarios",
                             "Transporte dos produtos agropecuarios para a base de apoio",
                             "Recebimento e armazenamento dos produtos agropecuarios na base de apoio",
                             "Transporte dos produtos agropecuarios entre bases de apoio",
                             "Recebimento e armazenamento dos produtos agropecuarios entre bases de apoio"))%>%
  dplyr::mutate(outras_informacoes = case_when(str_detect(amostras, "LE15")~ "Teste tomate",
                                               str_detect(amostras, "FR05")~ "Teste cacau"))%>%
  dplyr::mutate(amostras = str_extract(amostras, "[A-Z]{2}[0-9]{2}"))%>%
  dplyr::select(-c(substancia, custodia))

nomes_colunas_tabela_1 = c("Etapa",
                           "Código produto agropecuário",
                           "Data",
                           "Hora",
                           "Responsável",
                           "Assinatura",
                           "Código Equipamento",
                           "Temperatura Mínima",
                           "Temperatura Máxima",
                           "Temperatura entrega/recebimento",
                           "Outras Informações")


tabela_2 = dados %>%
  dplyr::filter(amostras == params$amostras,
                is.na(custodia),
                etapa %in% c("Entrega dos produtos agropecuarios para o transporte ate o laboratorio",
                             "Recebimento dos produtos agropecuarios para o transporte ate o laboratorio",
                             "Transporte dos produtos agropecuarios",
                             "Entrega dos produtos agropecuarios transportados",
                             "Recebimento dos produtos agropecuarios transportados",
                             "Cadastro e armazenamento dos produtos agropecuarios no laboratorio"))%>%
  dplyr::mutate(outras_informacoes = case_when(str_detect(amostras, "LE15")~ "Teste tomate",
                                               str_detect(amostras, "FR05")~ "Teste cacau"))%>%
  dplyr::mutate(amostras = str_extract(amostras, "[A-Z]{2}[0-9]{2}"))%>%
  dplyr::select(-c(substancia, custodia))

nomes_colunas_tabela_2 = c("Etapa", 
                           "Código produto agropecuário", 
                           "Data", 
                           "Hora", 
                           "Responsável", 
                           "Assinatura", 
                           "Código Equipamento", 
                           "Temperatura Mínima", 
                           "Temperatura Máxima", 
                           "Temperatura entrega/recebimento", 
                           "Outras Informações")

tabela_3 = dados %>%
  dplyr::filter(amostras == params$amostras,
                is.na(custodia),
                etapa %in% c("Geracao de amostra e armazenamento",
                             "Geracao de contraprova e armazenamento",
                             "Liofilizacao da amostra e armazenamento",
                             "Preparo da amostra e armazenamento",
                             "Analise da amostra",
                             "Descarte da amostra"))%>%
  dplyr::mutate(outras_informacoes = case_when(str_detect(amostras, "LE15")~ "Teste tomate",
                                               str_detect(amostras, "FR05")~ "Teste cacau"))%>%
  dplyr::select(-c(amostras, custodia))

nomes_colunas_tabela_3 = c("Etapa", 
                           "Substância Química", 
                           "Data", 
                           "Hora", 
                           "Responsável", 
                           "Assinatura", 
                           "Código Equipamento", 
                           "Temperatura Mínima", 
                           "Temperatura Máxima", 
                           "Temperatura entrega/recebimento", 
                           "Outras Informações")

tabela_4 = dados %>%
  dplyr::filter(amostras == params$amostras,
                custodia == "Bioagri",
                etapa %in% c("Geracao de amostra e armazenamento",
                             "Geracao de contraprova e armazenamento",
                             "Liofilizacao da amostra e armazenamento",
                             "Preparo da amostra e armazenamento",
                             "Analise da amostra",
                             "Descarte da amostra"))%>%
  dplyr::mutate(outras_informacoes = case_when(str_detect(amostras, "LE15")~ "Teste tomate",
                                               str_detect(amostras, "FR05")~ "Teste cacau"))%>%
  dplyr::select(-c(amostras, custodia))

nomes_colunas_tabela_4 = c("Etapa", 
                           "Substância Química", 
                           "Data", 
                           "Hora", 
                           "Responsável", 
                           "Assinatura", 
                           "Código Equipamento", 
                           "Temperatura Mínima", 
                           "Temperatura Máxima", 
                           "Temperatura entrega/recebimento", 
                           "Outras Informações")

tabela_5 = dados %>%
  dplyr::filter(amostras == params$amostras,
                custodia == "CQA",
                etapa %in% c("Geracao de amostra e armazenamento",
                             "Geracao de contraprova e armazenamento",
                             "Liofilizacao da amostra e armazenamento",
                             "Preparo da amostra e armazenamento",
                             "Analise da amostra",
                             "Descarte da amostra"))%>%
  dplyr::mutate(outras_informacoes = case_when(str_detect(amostras, "LE15")~ "Teste tomate",
                                               str_detect(amostras, "FR05")~ "Teste cacau"))%>%
  dplyr::select(-c(amostras, custodia))

nomes_colunas_tabela_5 = c("Etapa", 
                           "Substância Química", 
                           "Data", 
                           "Hora", 
                           "Responsável", 
                           "Assinatura", 
                           "Código Equipamento", 
                           "Temperatura Mínima", 
                           "Temperatura Máxima", 
                           "Temperatura entrega/recebimento", 
                           "Outras Informações")

Informações da Amostra

Amostra: r amostra

Ponto: r ponto

Tipo: r tipo

Alimento: r alimento

Grupo: r grupo


tabela_1  = kableExtra::kbl (tabela_1, caption = "Atividades de campo", booktabs = T, longtable = T, 
                             col.names = nomes_colunas_tabela_1, align = "c")%>%
  kable_styling(font_size = 10, latex_options = c("repeat_header", "HOLD_position"), position = "center")%>%
  column_spec (1, bold = T, width = "4cm")%>%
  column_spec (6, width = "4cm", image = spec_image(tabela_1$assinatura, 150, 150))

r tabela_1


tabela_2 = kableExtra::kbl (tabela_2, caption = "Transporte dos produtos agropecuarios e recebimento em laboratorio", booktabs = T, longtable = T, 
                            col.names =    nomes_colunas_tabela_2, align = "c")%>%
  kable_styling(font_size = 10, latex_options = c("repeat_header", "HOLD_position"), position = "center")%>%
  column_spec (1, bold = T, width = "4cm")%>%
  column_spec (6, width = "4cm", image = spec_image(tabela_2$assinatura, 150, 150))

r tabela_2


tabela_3 = kableExtra::kbl (tabela_3, caption = "Atividades em laboratorio", booktabs = T, longtable = T, 
                            col.names = nomes_colunas_tabela_3, align = "c")%>%
  kable_styling(font_size = 10, latex_options = c("repeat_header", "HOLD_position"), position = "center")%>%
  column_spec (1, bold = T, width = "4cm")%>%
  column_spec (6, width = "4cm", image = spec_image(tabela_3$assinatura, 150, 150))

r tabela_3


tabela_4 = kableExtra::kbl (tabela_4, caption = "Análises Bioagri", booktabs = T, longtable = T, 
                            col.names = nomes_colunas_tabela_4, align = "c")%>%
  kable_styling(font_size = 10, latex_options = c("repeat_header", "HOLD_position"), position = "center")%>%
  column_spec (1, bold = T, width = "4cm")%>%
  column_spec (6, width = "4cm", image = spec_image(tabela_4$assinatura, 150, 150))

r tabela_4


tabela_5 = kableExtra::kbl (tabela_5, caption = "Análises CQA", booktabs = T, longtable = T, 
                            col.names = nomes_colunas_tabela_5, align = "c")%>%
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  column_spec (6, width = "4cm", image = spec_image(tabela_5$assinatura, 150, 150))

r tabela_5

Eu gostaria de remover da coluna Assinatura, o “assinatura.png”, “teste.png”…