Oi Laura, tudo bem?
O RMarkdown aceita chunk de CSS, porém dentro dele vc precisaria colocar código CSS para isso funcionar (e o source é uma função do R). Ex:
```{css}
h2{
color: blue;
}
```
O que você quer é usar um arquivo CSS para estilizar todo seu arquivo rmarkdown, correto? Eu sugeriria você colocar isso nos metadados. Ex:
---
title: "Untitled"
output:
html_document:
css: style.css
---
Exemplo de resultado que eu uso uma estilização que vem do arquivo CSS externo (o style.css) e outra que está dentro do próprio RMD:
---
title: "Untitled"
output:
html_document:
css: style.css
---
Blablabla
```{css}
h2{
color: blue;
}
```
## Blablabla
Conteúdo do arquivo style.css
:
h1{
color: red;
}
Arquivo gerado: o vermelho vem do style.css e o azul vem do chunk de css dentro do próprio arquivo: