Situação: deploy de vários aplicativos shiny em um mesmo R Shiny Server (versão gratuita).
Desafio: os aplicativos foram criados usando versões diferentes de bibliotecas. Se eu atualizar as bibliotecas do servidor, alguns apps irão quebrar.
Sei que existem pacotes para empacotar pacotes 
como o packrat e o renv. Mas não tenho tenho certeza como eles podem ajudar nessa situação. Alguma dica?
Eu recomendo usar o renv, pois o packrat é meio “pesado” demais na minha opinião. Essencialmente ele permite que você guarde, junto do seu pacote, informações sobre os pacotes (e suas versões) utilizados ali. Às vezes isso pode ser meio chato, porque no geral o renv pede que você reinstale as dependências para cada novo pacote que você fizer, mas certamente ele resolve o problema.
Para entender mais sobre o renv, recomendo dar uma lida no artigo introdutório da documentação: Introduction to renv • renv